在可见的未来，人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”，但是无人知道，那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭，月球在转眼之间被占无颜之月第五集无马赛克开小黄车领，跟着，它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人超脑48小时 迅雷下载”，经过长达十年的“月世界战争”，成功把可怕的侵略者消灭了，但是……　　早乙女博士以未开发成功的『三一万能侠』迎击反被击溃!一方面博士着手开发『新·三一万能侠』；另一方面，认为必须找到3位合适的驾驶员....